Как узнать какой именно софт виноват в сабжевой проблеме?

В текущей технологии vds, к сожалению, невозможно использование стандартных при решении данной проблемы утилит (lsof, fstat), т.к. данная информация низкого уровня. Поэтому основной путь исследования такой: кладется по какой-нибудь из сервисов (apache, mysqld, sendmail..) и замеряется насколько изменилось количество дескрипторов открытых файлов. Таким образом выясняется основной виновник, и круг сужается. Далее уже искать конкретно - если апач, то какие скрипты какого сайта (apache server-status); если mysql, то какая база; и т.д.
Узнавать текущее кол-во открытых файлов:
sysctl -a | grep openfiles