Я пытаюсь настроить content negotiation.

Попытка использования директив Alias или AliasMatch в .htaccess приводит к Error500.

mod_alias не подключен? А как его подключить?

http://httpd.apache.org/docs/1.3/mod/mod_alias.html#aliasmatch
вообще-то эти директивы никогда не были доступны к использованию в .htaccess