Здравствуйте.

Обнаружил, что из одного поддомена, с помощью тех же скриптов PHP можно получить информацию с самого домена и с других поддоменов в этом домене. А можно как-то решить эту проблему, то есть запретить поддоменам каким либо образом взаимодействовать с соседями?

заводить отдельный аккаунт для каждого сайта

UPD: Имеется в виду, при наличии скрипта http://subdomain.mydomain.org/evil.php
этот же скрипт доступен по адресу http://mydomain.org/domains/evil.php, и следовательно имеет доступ ко всем документам на домене.

если это директадмин, то заводите аккаунт mydomain.org и subdomain.mydomain.org
поддомен в аккаунте mydomain.org заводить не надо, а только
настроить dns, чтобы записи поддомена указывали на сервер, где он находится (впринципе, если создать поддомен - эти записи сами создадуться, только подправите в них ip адрес), если оба аккаунта при заказе попадут на один сервер, то никакой настройки dns делать не надо, всё и так будет работать.