Как обезопасить свой скрипт (на php, запускается из крона) от свободного доступа.

Во-первых не показывать свой скрипт, во-вторых $HTTP_REFFER, в-третьих, $REMOTE_ADDR, в четвертых $HTTP_USER_AGENT
Я думаю этого вполне достаточно

А о чем вообще речь-то?
Впрочем, каков вопрос - таков ответ