Имеется ли командная строка для компиляции модулей?

о каких модулях идёт речь?
http://forum.ruweb.net/viewthread.php?tid=1147

[Изменено 10.1.2006 от kpv]

Нужно откомпилировать измененный модуль WMSigner. Это возможно сделать?

изменённый? а зачем, если не секрет.
уже готовый и откомпилированный есть на серверах. номер Вашего аккаунта или имя сайта? или посмотрите (поиском по форуму на слово WMSigner) топики про это - там, практически, вся информация есть.
вообше cgi-скриптом (perl или shell) можно выполнять команды. в т.ч. и компилировать что-нибудь.

Кстати, из под mod_php вы в любом случае ничего своего запустить не сможете. Там можно использовать только наш WMSigner.