Sbj.
Дело в том, что задача маленькая, но в обычной реализации требует множества однотипных запросов к базе данных (100+) и так при каждом обращении.

Запросов можно избежать если программа будет однопоточной (т.е. последовательно выполнять все запросы) и по возможности не удаляться из памяти (вроде сервиса, хотя не обязательно, промежуточные значения можно хранить и в файле).

php поддерживает постоянные соединения с mysql, если он запущен как модуль апача.

нефик-нефик. На шареде - никаких демонов и никаких pconnect.
на ВДС - пожалста