почему не работает такая строчка:
mysql_query("LOAD DATA INFILE '".$local_file_3."' INTO TABLE IPS FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '|'";

где


$local_file_3=$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/whois/'.'ip_db.csv';

А в сообщении об ошибке не пишет?
Вероятно потому что у вашего mysql-пользователя нет привилегии "FILE".

выдает такую ошибку :
1148: The used command is not allowed with this MySQL version
В случае, если команда LOAD DATA LOCAL INFILE заблокирована на сервере или
клиенте, вы получите следующее сообщение об ошибке (1148):
The used command is not allowed with this MySQL version

LOAD DATA LOCAL INFILE заблокирована на сервере или клиенте

включите LOAD DATA LOCAL INFILE или скажите как быстро загрузить с csv файл
в БД используя пхп ...

"LOAD DATA INFILE" это одно, а "LOAD DATA LOCAL INFILE" - совершенно другое.
"LOAD DATA LOCAL" - разрешил.
Но он не поддерживается в mod_php. Выполнить "LOAD DATA LOCAL" удастся только из CGI-приложения (в т.ч. из php-скрипта запущеного в CGI-режиме, т.е. через #!/usr/bin/php).

там сейчас такое стоит :
if (!mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$local_file_3."' INTO TABLE IPS
FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '|'")
{
echo mysql_errno() . ": " . mysql_error() . "n";
}

и всеравно выдает ошибку