Вот допустим у меня есть папка со скинами или паролями. Мне надо чтобы всё для скриптов было доступно на чтение и запись, а пользователю был запрет на вход непосредственно в папки и ниже . Как это сделать?

Для каких скриптов? (cgi или php)
Какому "пользователю"?

простому пользователю был скан папки не доступен - открывает он папку http://some_filder/ а ему error 500. Но на странице я мог бы использовать что то типа <img src=...> или скриптом файл из неё читать.

положи в папку файл index.html, можно даже пустой, и будет тебе счастье.

index уже лежит. Надо именно права доступа...

А чем права доступа лучше пустого index?