Возможно ли в DirectAdmin заблокировать доступ к сайту с опредлённых ip (подсетей ip)?

На любом сервере с веб-сервером Apache это можно сделать через .htaccess

Поможет ли это в случае флуд-атаки?
В смысле снимет ли это нагрузку с сервера и сэкономит ли трафик, если через htaccess заблокировать ip адреса, с которых идёт атака?

Нет. Это надо файрволом закрывать, хотя все равно, трафика натечет очень много.