Прошлый хостер (виртуальны) присылал иногда письма, где сообщалось, что такой-то сервер или такой-то запрос к базе слишком сильно грузит сервер.

Какой можно установить софт, чтобы можно было отслеживать какие скрипты (запросы) дают наибольшую нагрузку на VDS?
Или может быть есть команда SSH, которая что-либо подобное покажет?

Спасибо.

На shared-серверах, все основные сервисы которых мы постоянно мониторим, мы тоже присылаем подобные письма.

На VDS-е в shell-е пользуйтесь этими утилитами:
mysqladmin (предустановлена)
mytop (cd /usr/ports/databases/mytop && make install clean)