Можно ли увеличить максимальное количество (99) поддоменов и почтовых аккаунтов? За допплату?

Почтовых аккаунтов - можно.
Поддоменов - тоже можно, но вам гораздо дешевле будет выделенный IP купить и реализовать поддержку (неограниченного кол-ва) поддоменов скриптами или через mod_rewrite

Когда мне придется это сделать, у меня не возникнет сложностей с функционированием уже существующих на тот момент поддоменов?

не должно