Подскажите, как правильно сделать.
Есть domain.com c Cpanel'ью.
Есть ещё dom.net.ru.
Надо чтобы dom.net.ru был расположен в папке domain.com/dom.
Как это правильно реализовать?

1. Создаете поддомен dom.domain.com
2. Паркуете dom.net.ru на dom.domain.com
Но второй шаг вам самостоятельно выполнить скорее всего не удастся всилу некоторых тонкостей работы ЦПанель. Поэтому придется написать нам письмо с просьбой припарковать такой-то домен на такой-то поддомен. (Конечно, для этого в вашем тарифном плане должен быть предусмотрен дополнительный домен.)