В стоимость VDS включено

Базовое администрирование;
Обновление стандартного программного обеспечения;

То есть самому следить за выпуском патчей для установленного по умолчанию ПО и заниматься их установкой не понадобится, это будет делаться вашими специалистами?
После оплаты клиент получает VDS с установленной Панелью управления, т.е. навыки администрирования сервера не являются обязтаельными?
Имеет ли установленная панель какие-либо ограничения на количество доменов и т.п.?

Да - обновления стандартного ПО и его работа - наша головная боль.

Не имеет ограничений ни на что. Все упирается в лимиты VDS