DirectAdmin показывает мне, что у меня занято 34 мб. места на диске.

Если запустить на выбор

quota -g -u

или

find /home/bougakov /usr/ -group bougakov -exec ls -l -f -A -o -p -T -w 9999 --full-time {} ;

то выясняется, что занято только три мегабайта.

Это как так? DirectAdmin глючит? Или это какие-то неучтённые файлы?

кроме квоты на /home есть ещё почта, у Вас её сейчас 32 Мб (смотрите в панели управления "статистика и параметры аккаунта", сейчас, видимо с утра Вы её уже почистили, новые данные по панели 5.70 MB) и базы данных (их у Вас нет). А насчёт файлов, которые у Вас на сайтах, то всё верно, их у Вас на три мегабайта.

директадмин обновляет данные о статистике (для отображения) около полуночи, в указанном меню есть кнопочка update, нажав на которую получите свежие данные.