Здравствуйте!

Подскажите пожалуйста, как мне удалить файлы с логами 200*.tar.gz из папки
domains/mydomain.com/logs? Они созданы с правами root'а и тронуть я их не могу.

Домены - bougakov.com и yakounkina.ru, aккаунт #4738

не надо их удалять. в подсчёте занимаемого места Вашим аккаунтом они не учавствуют. А вот в анализе посещаемости Вашего сайта они, обычно, очень помогают.
Или Вам по другой причине их надо удалить?

Если в квоте не учитываются, тогда пусть живут, конечно...