У меня статистика DirectAdmin отображает, что почтой занято хх мегабайт пространства, а все почтовые ящики пустые! Как такое может быть?

По умолчанию включен сбор почты с несуществующих адресов. Все почта, приходящая на несуществующие адреса (чтоугодно@вашдомен) сохраняется на главном почтовом ящике Вашего аккаунта.
Достаточно полезная опция - если Вам напишут vasia@вашдомен.ru вместо vasya@вашдомен.ru, то письмо Вы все равно получите.

Но есть и побочный эффект - если ящик не разгребать, то через некоторое время там собирается приличное количество спама, что и отображается статистикой DirectAdmin.

Если Вам сбор почты с всего домена не нужен, то

1. Почистите главный почтовый ящик (логин и пароль на него такие же, как для DirectAdmin)
http://site-helper.ru/email.html#clrpop3
2. Отключите сбор почты с несуществующих адресов. Подробнее - http://site-helper.ru/email.html#catchall