я являюсь клиентов ruweb.net по одному из "Гибкие без ограничения трафика" тарифному плану (если это важно) и вот какой вопрос -

когда я в панели управления для своего домена создаю поддомен - автоматически создается папка с именем поддомена, на которую он автоматически настроен. а можно ли както мне самому изменить это, связав например поддомен vasya.site.ru не с папкой /vasya а с папкой /katya ?

Спасибо заранее за ответ!

Можно. Сделайте симлинк или попросите техподдержку.
http://help.ruweb.net/faq