Я хотел бы узнать подробней о следующих папках и файлах на сервере.
etc
passwd
quota
shadow
Для чего они служат и как ими пользоваться?

Никак ими не пользоваться. Не заморачивайтесь - служебные файлы служебного пользования...

Очень полезные файлики, особено passwd и shadow! А вообще, я бы посоветовал линух изучить.