Вопрос: я под рутом разархивирую движок сайта.
Потом под юзером мне нужно зайти и изменить чмод некоторых файлов.
Но это сделать невозможно, так как тотал-командер рассказывает "во втором он рассказывает "невозможно изменить атрибуты удаленных файлов"."

Я так понимаю проблема в том, что собственник файлов считается рут, поэтому пользователь не дорос чмоды изменять.

Ну а как все-таки тогда это сделать?

не работайте под рутом, а работайте сразу под необходимым пользователем.
su -m имя_узера

чмоды файлов не принадлежащих Вашему пользователю может поменять только рут.
man chmod

у меня такае же ситуация, как поменять на всех файлах сразу?

man chmod

опция -R, пользуемся ею ОЧЕНЬ аккуратно.
перед её выполнением смотрим обязательно в каком каталоге находимся командой pwd

Лучше, конечно, внимательно прочитайте мой второй топик, так проще и безопаснее.

Для того что бы сменить владельца файла
chown имя_юзера:имя_юзера
для удобства можно заюзать ключ -R