Вопрос уже задавали, но на vds панелька отличается, поэтому задам

Что писать в эти поля, которые в панели предлагаются, чтобы php-скрипт запускался ежедневно в 4.30 (когда нагрузка близка к нулевой), а в 4.33 перезагрузить apache (нужно потому что скрипт может повесить сервер)?

И будет ли выполняться php-скрипт, если его разместить за пределами htdocs (чтобы его нельзя было запустить посторонним).

http://ispsystem.com/docs/isp-lite-ru-5/cron.html

будет.

Прописал значения по инструкции, сформировалась строчка:

05 5 * * * php -f /home/(дальнейший-путь-до-скрипта)

Если построчно в панели, то:
selected 05
selected 5
all
all
all

Сегодня специально не спал, ждал результатов. В 5.05 результат на email не поступил (там это заложено). Запустил из браузера - и скрипт выполнился, и результат его работы на email пришел. Что не так?

попробуйте "php" заменить на "/usr/local/bin/php"